La chiesa dedicata a Santa Margherita, martire d’Antiochia, si trova su una collina che domina le valli dell’Arno e dell’Ema. Fu costruita probabilmente alla fine del XII secolo e fu posta prima sotto il patronato della famiglia degli Amidei e successivamente sotto quello dei Gherardini. Fu a lungo oggetto di contrasto fra queste due famiglie, tanto che si ricorda un fatto di sangue avvenuto nel 1350, allorché un Gherardini, rifugiatosi nella torre campanaria, venne ucciso dagli Amidei.
Uno dei rettori della chiesa, Niccolò Gherardini, fu amico di Galileo che soggiornava nella vicina villa del Gioiello a Pian dei Giullari.
La chiesa ha subito vari rifacimenti nel corso dei secoli, finché nel 1970 è stata oggetto di radicali restauri, sia all’interno che all’esterno. La semplice facciata, in pietra, col tetto a capanna, presenta un rosone centrale e un portale.
Un tozzo campanile merlato è posto sopra l’abside.
L’interno è una navata in fondo alla quale si aprono due ampi archi del transetto. Le pareti sono tutte in pietra a vista tranne quelle laterali del transetto che sono intonacate. Nella semplicità dell’interno si notano alcune grandi cornici in pietra serena che inquadrano delle opere pittoriche; sul lato a sinistra del transetto si trova anche un organo settecentesco di pregevole fattura.
La copertura è a capriate lignee a vista, precedentemente nascoste da un soffitto ad incannucciato che formava una volta su cui erano presenti delle pitture settecentesche.
Nell’abside la copertura è caratterizzata da una volta a crociera.
All’interno, il Ciborio con angeli dorati opera cinquecentesca di Andrea Sansovino.